De meeste lidstaten die registratie- of motorrijtuigenbelastingen heffen op basis van de technische specificaties van een auto doen dit op grond van een onderscheid in technische prestaties (bv. cilinderinhoud of vermogen) of CO2-uitstoot[16]. De drempelwaarden zijn vaak vastgesteld op basis van nationale marktkenmerken of de nationale beleidsambities ten tijde van de invoering ervan, waarbij ook de implicaties van de netto-opbrengst van opeenvolgende hervormingen een rol spelen.
Autofabrikanten hebben – indien economisch zinvol – hun aanbod aan deze verschillende autobelastingen aangepast, voornamelijk door aan hun belangrijkste afzetmarkten auto´s te leveren die net onder bepaalde drempelwaarden blijven, zoals auto´s met een cilinderinhoud van 1599 cm³ of 1999 cm³. Deze drempelwaarden verschillen echter van land tot land. Het gebrek aan harmonisatie zorgt daarom voor een "technische" fragmentatie van de eengemaakte markt. Als gevolg daarvan kunnen potentiële schaalvoordelen van een eengemaakte markt waar jaarlijks zo´n 13 miljoen nieuwe auto´s worden geregistreerd, niet ten volle worden benut, wat negatieve gevolgen heeft voor zowel het concurrentievermogen van de bedrijfstak als de effectiviteit van stimuleringsregelingen. De kosten van auto´s liggen daardoor ook hoger. Dit komt omdat een gefragmenteerd systeem autofabrikanten ertoe aanzet middelen te verspillen om auto´s nauwgezet op de verschillende drempelwaarden af te stemmen en de kosteneffectiviteit van een Europees klimaatbeleid vermindert. Deze fragmentatie in belastingen op auto´s is in 2012 duidelijk erkend door de CARS 21-groep op hoog niveau[17]. De autofabrikanten hebben daarom gepleit voor geharmoniseerde belastingen op auto´s op CO2-basis. Een voorstel van de Commissie voor harmonisatie in dit opzicht kan tot dusver echter nog niet op de unanieme steun van de lidstaten rekenen[18].
